Proktokolitin nedeni olarak genetik yatkınlık, bağırsak gelişiminin tam tamamlanamaması; bu nedenle geçirgenliğinin fazla olmasından kaynaklandığı düşünülmektedir. Genelde anne sütü alan bebeklerde görülmektedir. Sadece anne sütü alan bebeklerde annenin tükettiği gıdaların süte geçmesinden dolayı proktokolit görülebilmektedir. Sıklıkla sorumlu besin alerjisi inek sütü ve bazen de anne sütünden geçen soya, yumurta ve mısıra alerjisine bağlı olduğu düşünülmektedir. Mama ile beslenenlerde çoğunda inek sütüne ve bazen soya alerjisine bağlı gelişmektedir. Anne sütüyle beslenenlerde belirtiler biraz daha geç ortaya çıkar.
