İnek sütü alerjisi gelişmesinde en önemli neden genetik olarak alerjik hastalığa yatkınlıktır. Genetik yanında çevresel faktörler de etkilidir. Erkek cinsiyet, Asyalı veya siyah ırk, bağırsağın yararlı mikroplarının ortadan kalkması; vitamin D eksikliği, omega 3 ve antioksidan yiyeceklerin alımında azlık, antiasit ilaç kullanımı; obezite ve ek besinlere başlanmasında gecikme besin alerjisini artıran risk faktörleri olarak ileri sürülmektedir. Çocukluk çağı aşıları ile besin alerjisi arasında herhangi bir ilişki saptanmamıştır. Ancak rotavirüs aşısı yapılanlarda sıklıkla besin alerjisine benzer belirtiler görüldüğü bildirilmekle birlikte bunu kanıtlayan bir çalışma yoktur.
