İnek sütü proteini alerjisi; inek sütünde bulunan proteinlere karşı immünolojik mekanizmalarla oluşan ve vücutta kaşınma, ürtiker, mukuslu kaka, kanlı kaka, ishal, kusma, makatta kızarıklık, egzama, tedaviye dirençli reflü, büyüme gelişme geriliği, kabızlık gibi belirtilerle kendini göstermektedir. Laktoz intoleransı ise laktozun sindirimi ile görevli olan bağırsakta laktaz enziminin eksikliği sonucu laktoz ve laktoz içeren bir gıdanın alınmasından sonra karında şişkinlik, karın ağrısı ishal gibi yakınmaların olduğu duruma denir. İnek sütü alerjisi immünolojik mekanizmayla gelişirken laktoz intoleransı laktaz enzim eksikliği ile oluşmaktadır.
İki durumun karıştığı durum gaz ağrısı, karın ağrısı ve ishal durumunda olmaktadır. Ancak laktoz intoleransı belirtileri; genelde 1-2 yaşından sonra ortaya çıkarken inek sütü protein alerjisi belirtileri genelde ilk 1 yaşta ortaya çıkmaktadır. İnek sütü protein alerjisinde ailede alerjik hastalıklar daha sık görülür. Bebeğin kakasında mukuslanma ve kan olabilirken laktoz intoleransında ailede alerjik hastalıklar şart olmayıp; bebeğin kakasında mukuslanma veya kan olmayıp kendini ishal olarak göstermekte nadiren kabızlık olarak göstermektedir. Cilt belirtileri yoktur. İki durum klinik belirtilerle genelde birbirinden ayrılabilen durumdur.
