İnek sütü alerjisi de diğer alerjik hastalıklar gibi genetik yapının etkisi çok fazladır. Genetik olarak alerjiye yakın ailelerin çocuklarında diğer alerjik hastalıklarda olduğu gibi; besin alerjisi de daha sık görülmektedir. Anne veya babada astım, alerjik nezle, egzama, besin alerjisi gibi alerjik hastalığı olanların çocuklarında besin alerjisi olma olasılığı daha yüksektir. Anne ve babada illa ki inek sütü alerjisi olması gerekmiyor. Diğer alerjik hastalıkların olması da genetik yatkınlık yaratır. Ancak sadece genetik yatkınlık ile besin alerjisi gelişmez. Beslenme, cinsiyet, doğum şekli gibi bebeğe ait ve çevreye ait faktörler de inek sütü gelişme riskini artırmaktadır.
