Teşhiste belirtiler ve öykü çok önemlidir. Göğüs ağrısı, bulantı, kusma, karın ağrısı, bazı gıdaların reddi, ishal ve gelişme geriliği gibi eozinofilik özofajit belirtileri varsa; reflü tedavisine de yanıt yoksa endoskopi yapılmalıdır; sonrasında, biyopsiler alınarak teşhis konulmaktadır. Yemek borusunda iltihaplanma yamalı şeklinde olması ve farklı katmanlarında görülebilmesi nedeniyle; farklı yerlerden ve farklı derinliklerden biyopsi alınması teşhis için çok önemlidir. Biyopsi öncesi 2 ay boyunda reflü tedavisi alması teşhisde katkı sağlayacaktır. Genellikle; proton pompa inhibitörleriyle 2 aylık tedavi ile özofagial eozinofili durumunda bulgular düzelmektedir. Kanda eozinofili %30 hastada görülmektedir. IgE, eozinofilik katyonik protein yüksekliği görülebilir. Endoskopi yapılarak yemek borusundan alınan biyopsi örneklerinde eozinofillerin fazla olduğunun (10 kat büyütmede 15 ve üzeri eozinofil görülmesi) görülmesi tanıyı desteklemektedir. Yanlış negatiflikler sıklıkla karşımıza çıkmaktadır.
