Öncelikle eozinofilik özofajit belirtilerini ortadan kaldıran tedavi uygulanır. Tedavide diyet çok önemlidir. Diyet seçimi hastanın klinik bulgularına göre belirlenmelidir. Sadece aminasit bazlı mama ile tedavi, 6 besin grubunun diyete alınması (İnek sütü, yumurta, soya, buğday, kuruyemiş ve deniz ürünleri) veya alerji testinde alerji çıkan gıdalara karşı diyet alınması şeklinde 3 farklı diyet modeli vardır. Bu modellerden birisi çocuğun kliniğine göre seçilmelidir.
İlaç tedavisi olarak yemek borusundaki iltihaplanmayı düzeltmek için nebul şeklindeki budesonid ve flutikazon propiyonat verilmesi yanında ciddi belirtilerin varlığında sistemik kortikosteroid tedavisi faydalı olmaktadır. Sistemik steroid gerekenlerde bir veya bir buçuk ay süreyle düşük dozda devam edilmesi yemek borusu mukozasının düzelmesinde faydalı olacaktır. Ani gelişen yutma bozukluklarında salbutamol tedavisi kullanılabilmektedir. İlaç tedavisinde montelukast faydalı görülmedi için önerilmemektedir. Yemek borusundaki darlıktan dolayı beslenme sorunu olanlarda cerrahi müdahale ile yemek borusu genişletilebilmektedir.
Havada bulunan polenler gibi alerjenler de eozinofilik özofajitte yutularak belirtileri artırabilmektedir. Bu nedenle bahar aylarında şikayetleri artan hastalarda steroidli burun spreyleri faydalı olabilmektedir. Yeni tedaviler olan anti IL-5 tedavisi yani mepolizumab faydalı olabildiği bildirilmiştir.
