Eozinofilik gastroenterit belirtileri; uzun süren ishal veya sık tekrarlayan ishal, kusma ve karın ağrısı şeklinde belirtiler gösterir. Hastalık uzun sürmesi durumunda büyüme gelişme geriliği, kansızlık ortaya çıkar. Hastalık ilerlemesiyle safra yolları ve karaciğer tutulmasına bağlı sarılık da görülebilmektedir.