Eozinofilik gastrit belirtileri olanlara endoskopi yapılıp, mide ve deudenumdan biyopsiler alınmaktadır. Mideden alınan biyopside 30/hba, duedenumdan alınan 50/hba üstünde eozinofil sayısı tanıyı destekler. Eozinofili ile giden diğer besin alerjisine bağlı mide bağırsak problemlerinden farklı yönleri; genelde yetişkin yaşta görülen, kusma ve karın ağrısı, karında şişkinliğin ön planda olduğu, diyetten fayda sağlandığı ve endoskopi ile teşhis konulan besin alerjisi tablosudur. Ayırıcı tanıda kronik granülomatöz hastalıklar, vaskülitler, Hiper IgE sendromu, idiopatik hipereozinofilik sendrom gibi hastalıklar düşünülmelidir.
