Çölyak hastaları; diyete dikkat etmediği takdirde bağırsak problemleri artmaktadır. Bağırsaktan besinlerin emilimi bozularak kilo almada yetersizlik, vitamin eksiklikleri ortaya çıkacak; ergenliğe girmemiş çocukların ergenliğe girmesi zorlaşacak; bununla birlikte karın ağrısı, ishal, kabızlık gibi belirtiler devam edecektir.