Besin alerjisi olan bebeklerde bazı sağlık sorunları ortaya çıkmaktadır. Bunlardan bir tanesi beslenmede bozukluk olması nedeniyle kilo alamamaya neden olur. Gelişim durabilir. Bunun nedeni besin alerjisi nedeniyle besin reddi, kusma, ishal reflüye bağlı olabildiği gibi diyet nedeniyle yeterince beslenememeye bağlı olabilmektedir. Besin alerjisi egzamaya da neden olabilmektedir. Bilimsel çalışmalarda egzamanın yaklaşık %40 nedeni besin alerjisine bağlı görülebilmektedir.
Egzamalı çocukların ciltlerinde bozulmalar ve ciltte dökülmeler daha sık olmaktadır. Bunun sonucu da ev tozu içinde bulunan ev tozu akarları deri döküntülerinden beslenip bozuk olan cilt bariyerinden geçerek ilerde ev tozu mite alerjisine bağlı astım ve alerjik nezleye eğilim artırmaktadır. Özellikle deniz kenarında yaşayan ailelerin bebeklerinde bu etki daha önemli olmaktadır. Vücutta yaygın döküntü ve kaşıntı gıda alerjisinden olabilmektedir. Özellikle ciddi alerji durumlarında görülen alerjik besinin çok az miktarının alınmasıyla bile alerjik şoka neden olabilmektedir.
Tedaviye yanıt vermeyen pişikler besin alerjisinden kaynaklanabilmektedir. Besin alerjisinin ayrıca reflü, kabızlık, ciddi gaz ağrıları gibi sorunlara da neden olabildiği unutulmamalıdır. Bu durumlarda da besin alerjisi nedeni bulunup diyet yapılırsa bu sorunların da düzeldiği görülecektir.
