Besin alerjisi genetik, çevresel nedenler ve gen-çevre etkileşimi sonucunda gelişmektedir. Besin alerjisi özellikle anne, baba veya kardeşinde alerjik hastalığı olan çocuklarda daha sık görülmektedir. Fakat tek bir gen sorumlu olmadığı için bu etki yatkınlık şeklinde olmaktadır. Besin alerjisi erkek çocuklarda daha çok görülmektedir.
-Erkek cinsiyet,
-Asyalı veya siyah ırk,
-bağırsağın yararlı mikroplarının ortadan kalkması,
-vitamin D eksikliği, omega 3 ve antioksidan yiyeceklerin alımında azlık,
-antiasit ilaç kullanımı, obezite ve ek besinlere başlanmasında gecikme besin alerjisini artıran risk faktörleri olarak ileri sürülmektedir.
Çocukluk çağı aşıları ile besin alerjisi arasında herhangi bir ilişki saptanmamıştır. Sadece anne sütü alan bebeklerde besin alerjisi daha az görülmektedir. İlk 6 ay anne sütü alan bebeklerde besin alerjisi daha az görülmektedir. Besin alerjisine en sık neden olan besinler ise süt, yumurta, soya, yer fıstığı, kuruyemişler buğday, balık ve kabuklu deniz ürünleridir. Çocuklarda en sık inek sütü, yumurta, soya ve buğday alerjisi görülürken yaş büyüdükçe fıstık, kuruyemiş ve deniz ürünlerine alerji gelişmektedir. Bilinmelidir ki her türlü besin alerjiye neden olabilir.