Besin alerjisinin kesin bir tedavisi bulunmamaktadır. Besin alerjisi tanısı konulmuşsa; ilk önlem alerjiye neden olan besinden kaçınılmasıdır. Bebek sadece anne sütü alıyorsa annenin o besini içeren yiyecekleri almaması gerekmektedir. Ek besin alıyorsa, bu besinler çocuğun da diyetinden çıkarılmalıdır. Belirtiler; ek gıdaya başladıktan sonra ortaya çıkmışsa; annenin diyet yapmasına gerek yoktur. Eğer bebek; anne sütü almıyorsa ve inek sütü alerjisi varsa tam hidrolize veya aminoasit bazlı mamalar kullanmalıdır.
Bebek, tolerans gelişmesi gereken yaşa gelmesine rağmen düzelme olmadı ise bazı besinlere karşı oral immünoterapi (ağızdan alerjik besin verilerek aşı tedavisi) 5 yaşından büyüklerde yapılabilmektedir. Bu yöntem henüz standart olarak uygulanan bir yöntem değildir.
Besin alerjisinin hafif reaksiyonlarında, alerji uzmanınızın önereceği antihistaminik ilaçlar belirtileri azaltmada yardımcı olmaktadır. Eğer alerjik besinin alımı ile anafilaksi denilen şok tablosu ortaya çıkıyorsa o zaman çocuğu korumak için adrenalin oto enjektörü bulundurulmalı ve belirtiler ortaya çıktığı zaman hemen uygulanmalı ve en yakın bir acil servise başvurulmalıdır.