IgE’ye bağlı olmayan inek sütü protein alerjisi halk arasında gizli besin alerjisi olarak da bilinmektedir. Çünkü inek sütü alerjisi kanda veya ciltten alerji testinde çıkmamasına rağmen; inek sütü alımından sonra alerji belirtilerin görülmesidir. Gizli alerjide belirtiler daha hafiftir ve daha geç ortaya çıkar. İnek sütü alımından 2 saat sonra ve genelde bir gün sonra ortaya çıkmakla birlikte; 7 gün kadar geç de belirti verebilmektedir. Gizli alerjide görülen belirtiler ise sıklıkla mide barsak sisteminde görülmektedir. Kakada mukuslanma, kakada kan görülmesi, makat etrafında kızarıklık, kusma, ishal, kabızlık, karın ağrısı şeklinde görülebilir. Ayrıca tedaviye cevap vermeyen pişik olarak kendini gösteren kontakt dermatit, kanda demir eksikliği ve akciğerde hırıltı ile kendini gösteren pulmoner hemosiderozis hastalığı şeklinde kendini gösterebilmektedir. Gizli alerji daha yavaş gelişir, daha hafifi belirtiler verir ve genellikle bir yaşına kadar düzelme gösterir.