Soya alerjisine bağlı çok çeşitli alerjik reaksiyonlar görülebilir. Yüksek derecede işlem görmüş rafine soya içeren ürünlerin alınması durumunda; ürtiker(kurdeşen), atopik dermatit (alerjik egzama), nefes darlığı, şiddetli ishal ve kusma ve anafilaksi (alerjik şok) gelişebilmektedir. Daha az işlem görmüş, polenlerle çapraz reaksiyon gösteren ürünlerin alımında ise reaksiyonlar daha hafif olup; dilde, dudakta ve yüzde şişme olabilmektedir. Fakat bu kişilerde de bazen gırtlak şişliği veya anafilaksiye kadar giden ciddi reaksiyonlar gelişebilmektedir. Ayrıca; birçok besinin içinde bulunabildiği için gelişecek alerjik reaksiyonlar çoğunlukla öngörülemez.