IgE’ye bağlı olmayan inek sütü alerjisine gizli alerji de diyebiliriz. Çünkü alerji testlerinde alerji saptanamaz. Testlerde alerji çıkmamasına rağmen inek sütü alımından sonra alerji belirtileri görülür. İnek sütü alımından sonra; 2 saatten daha uzun zaman sonra ve genellikle bir gün sonrasında belirtiler görülmekle birlikte 1 hafta sonra bile belirtiler görülebilmektedir. Daha hafif belirtilerle kendini gösterir. Kakada mukuslanma, kan görülmesi, egzama gibi belirtilerle kendini gösterir. Genelde 9 ay ile bir yaş civarında %90’ı düzelmektedir. IgE’ye bağlı olmayan inek sütü alerjisi; egzama, proktit, proktokolit, kontakt dermatit, dermatitis herpetiformis, çölyak hastalığı ve pulmoner hemosiderozis gibi durumlarda karşımıza çıkmaktadır.