Kanda eozinofil değeri de yüksektir. Eozinofilik gastroenterit belirtileri olan çocuklarda teşhisi kesinleştirmek için endoskopi ve kolonoskopi yapılarak biyopsi alınarak teşhis konulmaktadır. Patolojik sonuçta eozinofil sayısının büyük büyütmede 20 den fazla olduğu görülebilmektedir. Eozinofili ile giden diğer alerjik hastalıklara göre; büyük çocuk ve yetişkinlerde görülmesi, ishal ve kusmanın birlikte görülebildiği, safra yollarının da tutulabildiği, diyetten başarının az elde edilebildiği besin alerjisi tablosudur.
Diğer eozinofili ile giden hastalıklar da düşünülmelidir. Özellikle; vaskülitler, Hiper IgE sendromu, idiopatik hipereozinofilik sendrom, Crohn hastalığı da ayırıcı tanıda düşünülmesinde fayda vardır. Kan tetkiklerinde eozinofili %70-80 oranında görülmektedir. IgE yüksekliği, ECP yüksekliği, albumin düşüklüğü görülebilir. Ciltten alerji testi yapılabilmektedir.
